Sequencing of 15,622 gene-bearing BACs reveals new features of the barley genome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Barley ( Hordeum vulgare L.) possesses a large and highly repetitive genome of 5.1 Gb that has hindered the development of a complete sequence. In 2012, the International Barley Sequencing Consortium released a resource integrating whole-genome shotgun sequences with a physical and genetic framework. However, since only 6,278 BACs in the physical map were sequenced, detailed fine structure was limited. To gain access to the gene-containing portion of the barley genome at high resolution, we identified and sequenced 15,622 BACs representing the minimal tiling path of 72,052 physical mapped gene-bearing BACs. This generated about 1.7 Gb of genomic sequence containing 17,386 annotated barley genes. Exploration of the sequenced BACs revealed that although distal ends of chromosomes contain most of the gene-enriched BACs and are characterized by high rates of recombination, there are also gene-dense regions with suppressed recombination. Knowledge of these deviant regions is relevant to trait introgression, genome-wide association studies, genomic selection model development and map-based cloning strategies. Sequences and their gene and SNP annotations can be accessed and exported via http://harvest-web.org/hweb/utilmenu.wc or through the software HarvEST:Barley (download from harvest.ucr.edu). In the latter, we have implemented a synteny viewer between barley and Aegilops tauschii to aid in comparative genome analysis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».