DNA barcodes reveal cryptic genetic diversity within the blackfly subgenus Trichodagmia Enderlein (Diptera: Simuliidae: Simulium) and related taxa in the New World
Notice bibliographique
Résumé
In this paper we investigate the utility of the COI DNA barcoding region for species identification and for revealing hidden diversity within the subgenus Trichodagmia and related taxa in the New World. In total, 24 morphospecies within the current expanded taxonomic concept of Trichodagmia were analyzed. Three species in the subgenus Aspathia and 10 species in the subgenus Simulium s.str. were also included in the analysis because of their putative phylogenetic relationship with Trichodagmia. In the Neighbour Joining analysis tree (NJ) derived from the DNA barcodes most of the specimens grouped together according to species or species groups as recognized by other morphotaxonomic studies. The interspecific genetic divergence averaged 11.2% (range 2.8–19.5%), whereas intraspecific genetic divergence within morphologically distinct species averaged 0.5% (range 0–1.2%). Higher values of genetic divergence (3.2–3.7%) in species complexes suggest the presence of cryptic diversity. The existence of well defined groups within S. piperi, S. duodenicornium, S. canadense and S. rostratum indicate the possible presence of cryptic species within these taxa. Also, the suspected presence of a sibling species in S. tarsatum and S. paynei is supported. DNA barcodes also showed that specimens from species that were taxonomically difficult to delimit such as S. hippovorum, S. rubrithorax, S. paynei, and other related taxa (S. solarii), grouped together in the NJ analysis, confirming the validity of their species status. The recovery of partial barcodes from specimens in collections was time consuming and PCR success was low from specimens more than 10 years old. However, when a sequence was obtained, it provided good resolution for species identification. Larvae preserved in ‘weak’ Carnoy’s solution (9:1 ethanol:acetic acid) provided full DNA barcodes. Adding legs directly to the PCR mix from recently collected and preserved adults was an inexpensive, fast methodology to obtain full barcodes. In summary, DNA barcoding combined with a sound morphotaxonomic framework provides an effective approach for the delineation of species and for the discovery of hidden diversity in the subgenus Trichodagmia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».