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Enregistrement W2207631089

Comparison of the Proteome Profiling of Iranian isolates of Leishmania tropica, L. major and L. infantum by Two-Dimensional Electrophoresis (2-DE) and Mass-spectrometry.

2016· article· en· W2207631089 sur OpenAlexaff
Homa Hajjaran, Mitra Mohammadi Bazargani, Mehdi Mohebali, Richard Burchmore, Ghasem Hosseini Salekdeh, Elham Kazemirad, Mohammad Reza Khoramizadeh

Notice bibliographique

RevuePubMed · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueResearch on Leishmaniasis Studies
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProteomeBiologyLeishmania infantumProteomicsVirulenceGel electrophoresisLeishmania tropicaLeishmaniaTwo-dimensional gel electrophoresisMolecular biologyMicrobiologyLeishmaniasisGeneticsCutaneous leishmaniasisVisceral leishmaniasisGeneParasite hosting
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The mechanisms of virulence and species differences of Leishmania parasites are under the influence of gene expression regulations at posttranscriptional stages. In Iran, L. major and L. tropica are known as principal agents of cutaneous leishmaniasis, while L. infantum causes visceral leishmaniasis. METHODS: As a preliminary study, we compared the proteome mapping of the above three Iranian isolates of Leishmania species through the 2-dimension electrophoresis (2-DE), and identified the prominent proteins by Liquid Chromatography (LC) mass spectrometry. RESULTS: We reproducibly detected about 700 protein spots in each species by using the Melanie software. Totally, 264 proteins exhibited significant changes among 3 species. Forty nine protein spots identified in both L. tropica and L. major were similar in position in the gel, whereas only 35 of L. major proteins and 10 of L. tropica proteins were matched with those of L. infantum. Having identified 24 proteins in the three species, we sought to provide possible explanations for their differential expression patterns and discuss their relevance to cell biology. CONCLUSION: The comparison of proteome profiling pattern of the 3 species identified limit up and limit down regulated or absent /present proteins. In addition, the LC-MS data analysis showed that most of the protein spots with differential abundance in the 3 species are involved in cell motility and cytoskeleton, cell signaling and vesicular trafficking, intracellular survival / proteolysis, oxidative stress defense, protein synthesis, protein ubiquitination / proteolysis, and stress related proteins. Differentially proteins distributed among the species maybe implicated in host pathogenecity interactions and parasite tropism to cutaneous or visceral tissue macrophages.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,090
Score d'incertitude au seuil0,365

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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