Authentication of experimental materials: A remedy for the reproducibility crisis?
Notice bibliographique
Résumé
Reproducibility has always been a serious challenge when medical researchers in both academia and industry have tried to build upon previously published discoveries. Blindly chasing faulty results has incurred a huge waste of human and monetary resources. The damage to the progress of scientific discoveries, as well as their application to human well-being, cannot be overestimated. According to two reports by Bayer and Amgen published in 2011 and 2012, 64–89% of the so-called “landmark” results could not be reproduced in their pre-clinical validation experiments.1,2 One plausible explanation for this out of proportion irreproducibility is related to the intricacy of the scientific experiments, including the sourcing of reagent antibodies and cell lines, which are major sources of variations. To make validation meaningful, the study materials used in the original studies need to be authenticated so that variations due to the faulty materials can be prevented during follow-up studies. However, the technical complexity and the costs of authentication often discourage this practice in research laboratories. In addition to these obstacles, researchers are left with no standards to follow when validating their reagents and cell lines. Nevertheless, the ever-growing irreproducibility has created a sense of urgency in the medical research field, and the root of faulty science has to be tackled. Two recent commentaries in Nature and Nature Methods highlighted the importance of the quality control of antibody reagents and cell lines.3,4 Both commentaries extensively discussed the existing quality problems associated with antibody reagents and cultured cell lines. The authors followed their discussions by advocating policy solutions, as well as feasible standards, towards better authentication and validation. The main impetus of these discussions will certainly raise the awareness of these problems, and may change the attitudes among researchers, toward the goal of improving the sourcing of antibodies and cell lines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,366 | 0,537 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,010 | 0,045 |
| Communication savante | 0,015 | 0,031 |
| Science ouverte | 0,010 | 0,015 |
| Intégrité de la recherche | 0,051 | 0,066 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».