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Enregistrement W2208403944 · doi:10.1016/j.gendis.2015.07.001

Authentication of experimental materials: A remedy for the reproducibility crisis?

2015· article· en· W2208403944 sur OpenAlexafffund
Fei Li, Jim Hu, Keping Xie, Tong‐Chuan He

Notice bibliographique

RevueGenes & Diseases · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineVeterinary
ThématiqueAnimal testing and alternatives
Établissements canadiensUniversity of TorontoSickKids FoundationHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNational Center for Complementary and Integrative HealthNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthAmgen
Mots-clésReproducibilityAuthentication (law)Computer scienceMedicineComputer securityStatisticsMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Reproducibility has always been a serious challenge when medical researchers in both academia and industry have tried to build upon previously published discoveries. Blindly chasing faulty results has incurred a huge waste of human and monetary resources. The damage to the progress of scientific discoveries, as well as their application to human well-being, cannot be overestimated. According to two reports by Bayer and Amgen published in 2011 and 2012, 64–89% of the so-called “landmark” results could not be reproduced in their pre-clinical validation experiments.1,2 One plausible explanation for this out of proportion irreproducibility is related to the intricacy of the scientific experiments, including the sourcing of reagent antibodies and cell lines, which are major sources of variations. To make validation meaningful, the study materials used in the original studies need to be authenticated so that variations due to the faulty materials can be prevented during follow-up studies. However, the technical complexity and the costs of authentication often discourage this practice in research laboratories. In addition to these obstacles, researchers are left with no standards to follow when validating their reagents and cell lines. Nevertheless, the ever-growing irreproducibility has created a sense of urgency in the medical research field, and the root of faulty science has to be tackled. Two recent commentaries in Nature and Nature Methods highlighted the importance of the quality control of antibody reagents and cell lines.3,4 Both commentaries extensively discussed the existing quality problems associated with antibody reagents and cultured cell lines. The authors followed their discussions by advocating policy solutions, as well as feasible standards, towards better authentication and validation. The main impetus of these discussions will certainly raise the awareness of these problems, and may change the attitudes among researchers, toward the goal of improving the sourcing of antibodies and cell lines.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,130
Score d'incertitude au seuil0,213

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,323
Tête enseignante GPT0,454
Écart entre enseignants0,130 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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