The p15ink4B tumor suppressor is a direct target for the ZNF217 oncoprotein
Notice bibliographique
Résumé
2779 ZNF217 is a kruppel-like transcription factor and candidate oncogene that is amplified and overexpressed in multiple cancer cell lines and tumours and recent evidence indicates that ZNF217 overproduction results in abnormal cell growth. ZNF217 is a major constituent of a transcriptional complex containing chromatin-modifying activities known to promote transcriptional repression and include the repressor CoREST, the histone deacetylase 2 (HDAC2) that catalyzes removal of acetyl groups from conserved lysines on histones, lysine demethylase I (LSD1) which removes mono- or di-methyl groups on lysine 4 of histone H3 (H3K4), and the C terminal binding protein (CtBP). In this study we have combined (1) genome wide expression profiling of cancer cells in which ZNF217 has been downregulated using siRNA and (2) chromatin immunoprecipitation (ChIP) in conjunction with DNA selection and ligation (ChIP-DSL), to identify genes directly regulated by ZNF217 in MCF7 breast cancer cells. Our results indicate that the tumour suppressor p15ink4b is a direct target of the ZNF217 complex. Furthermore ZNF217, CoREST and LSD1 are all highly enriched within a region of the promoter that is essential for activation of p15INK4B. To determine whether silencing of p15INK4B is dependent on the ZNF217 complex, we transfected MCF-7 cells with siRNA targeting either ZNF217 or LSD1 and ink4b expression was monitored by realtime PCR or western blotting. A dramatic increase in p15INK4B expression was observed providing strong evidence that the ZNF217 complex is a key repressor of the p15INK4B gene in MCF7 cells. Importantly, the identification of the ink4b gene as a direct target for the ZNF217 corepressor complex represents a potentially novel link between amplification of ZNF217 and the loss of TGFβ responsiveness in breast cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».