Notice bibliographique
Résumé
Bioanalysis is a subdivision of analytical chemistry and deals with biological analytes such as metabolites, proteins, nucleic acids, small molecules, virus particles and entire cells. The rationale of my thesis was to achieve two goals: (i) develop a set of ready to use methods (ii) which are capable providing exact concentrations of analytes as well as kinetic and thermodynamic parameters of their interactions. To investigate interactions between biomolecules special conditions are required which do not interfere with the course if biomolecule interactions. Establishing these conditions and optimization of separation and detection parameters can be tedious and can take longer than actual analysis of samples. I developed a variety of Capillary Electrophoresis – Mass Spectrometry (CE-MS) methods suitable for bionalalysis. CE-MS establishes a new paradigm that separation methods together with MS detection can be used as comprehensive kinetic tools. Most previous attempts to use chromatography and electrophoresis for studying nucleic acid interactions were restricted to assuming slow or no equilibrium between reactants. Kinetic CE (KCE) shows that non-zero kinetics and structural dynamics must be taken into account when separation happens. KCE-MS could be a valuable supplement to IM-MS due to the separation of ions in solution according to their size-to-charge ratio. These methods allowed to reveal new facts about biomolecules and added novel data to the bank of the mankind knowledge. For the best of my knowledge, kinetic parameters for TG2 and thrombin G-quadruplex folding were reported for the first time. I developed a homogeneous method to determine kon, koff and Kd of fast and weak noncovalent interactions between multiple unlabeled ligands (small molecule drugs) and an oligosaccharide (α- or β-cyclodextrin) simultaneously in one capillary microreactor. It has been shown for the first time that KCE can be used to separate and detect the slowly interconverting open and closed conformations of human TG2. It allowed the first direct measurement of the Kd value for calcium binding. Sixteen new substrates were discovered for three aminotransferases (AAT, BCAT, and DAAT). In addition, Viral qCE showed a feasibility to analyse both the count of intact viral particles and sample nucleic acid contamination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,015 | 0,024 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».