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Enregistrement W2217739880 · doi:10.1021/ci025639w

Development of Quantitative Structure−Activity Relationships and Classification Models for Anticonvulsant Activity of Hydantoin Analogues

2003· article· en· W2217739880 sur OpenAlexaff
Jeffrey J. Sutherland, Donald F. Weaver

Notice bibliographique

RevueJournal of Chemical Information and Computer Sciences · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensQueen's UniversityDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésQuantitative structure–activity relationshipHydantoinMolecular descriptorTest setPrincipal component analysisMathematicsArtificial intelligenceRepresentation (politics)Metric (unit)Similarity (geometry)Pattern recognition (psychology)Biological systemMachine learningComputer scienceChemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Classification and QSAR analysis was performed on a large set of hydantoin derivatives with measured anticonvulsant activity in mice and rats. The classification set comprised 287 hydantoins having maximal electroshock (MES) activity expressed in qualitative form. A subset of 94 hydantoins with MES ED(50) values was used for QSAR analysis. Numerical descriptors were generated to encode topological, geometric/structural, electronic, and thermodynamic properties of molecules. Analyses were performed with training and test sets of diverse compounds selected using their representation in a principal component space. Cell- and distance metric-based selection methods were employed in this process. For QSAR, a genetic algorithm (GA) was used for selecting subsets of 5-9 descriptors that minimize the rms error on the training sets. The most predictive models have rms errors of 0.86 (r(2) = 0.64) and 0.73 (r(2) = 0.75) ln(1/ED(50)) units on the cell- and distance metric-derived test sets, respectively, and showed convergence in the selected descriptors. Classification models were developed using recursive partitioning (RP) and spline-fitting with a GA (SFGA), a novel method we have implemented. The most predictive RP and SFGA models have classification rates of 75% and 80% on the test sets; both methods produced models with similar discriminating features. For QSAR and classification, consensus schemes gave improved predictive accuracy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,853
Score d'incertitude au seuil0,270

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,003
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,114
Tête enseignante GPT0,338
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations37
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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