Effect of active smoking on the bronchial epithelium transcriptome
Notice bibliographique
Résumé
AACR Annual Meeting-- Apr 14-18, 2007; Los Angeles, CA 4994 Background: Tobacco smoke exposure is the major cause of lung cancer. Long term heavy smokers retain an elevated lung cancer risk even years after smoking cessation. Former smokers now account for nearly half of the newly diagnosed lung cancer cases. The mechanism for lung cancer development despite smoking cessation is still poorly understood. In this study, using serial analysis of gene expression (SAGE), we compare the transcriptomes of bronchial cells obtained from current, former and never smokers to identify genes whose expression were reversible and irreversible upon smoking cessation. Objectives: (1) To define the transcriptomes of current, former and never smokers. (2) To identify genes which are dysregulated with active smoking. (3) To identify changes that are irreversible upon smoking cessation. DESIGN, MATERIALS AND METHODS: Twenty-four bronchial epithelial specimens from the peripheral airways obtained during fluorescence bronchoscopy were profiled using SAGE. This sample set was comprised of 8 current smokers, 12 former smokers and 4 never smokers. Transcriptomes for current, former and never smokers were defined using a tag count of ≥2 across all libraries in each set. Genes differentially expressed were identified using the Mann Whitney U test. Select genes were validated in a secondary cohort of 9 current smokers, 7 former smokers and 6 never smokers using quantitative RT-PCR. Results: 3,111,471 SAGE sequence tags representing over 110,000 potentially unique transcripts were generated, representing one of the largest human SAGE studies to date. We identified 1733 genes to be constitutively expressed in current, former and never smoker transcriptomes. Reversible gene expression changes upon smoking cessation were identified, mainly falling into xenobiotic / nucleotide metabolism and muco-ciliary response and clearance. Significantly, altered expression of calcium binding tyrosine-(Y)-phosphorylation regulated (CABYR) and ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 8 (ENTPD8) is reversible upon smoking cessation, neither of which have previously been shown to be expressed in the bronchial epithelium. Conversely, glycogen synthase kinase 3 beta (GSK3B) , mucin 5AC (MUC5AC) demonstrated irreversible expression changes upon smoking cessation. All of these gene expression profiles were validated in a second cohort of samples. Conclusions: Irreversible changes in expression of genes associated with inflammatory pathways and DNA repair may account for substantial DNA damage, and increased susceptibility to lung cancer despite smoking cessation. This work was supported by Genome BC / Genome Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».