Structure of the Legionella Effector, lpg1496, Suggests a Role in Nucleotide Metabolism
Notice bibliographique
Résumé
Pathogenic Gram-negative bacteria use specialized secretion systems that translocate bacterial proteins, termed effectors, directly into host cells where they interact with host proteins and biochemical processes for the benefit of the pathogen. lpg1496 is a previously uncharacterized effector of Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires disease. Here, we crystallized three nucleotide binding domains from lpg1496. The C-terminal domain, which is conserved among the SidE family of effectors, is formed of two largely α-helical lobes with a nucleotide binding cleft. A structural homology search has shown similarity to phosphodiesterases involved in cleavage of cyclic nucleotides. We have also crystallized a novel domain that occurs twice in the N-terminal half of the protein that we term the KLAMP domain due to the presence of homologous domains in bacterial histidine kinase-like ATP binding region-containing proteins and S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase proteins. Both KLAMP structures are very similar but selectively bind 3′,5′-cAMP and ADP. A co-crystal of the KLAMP1 domain with 3′,5′-cAMP reveals the contribution of Tyr-61 and Tyr-69 that produces π-stacking interactions with the adenine ring of the nucleotide. Our study provides the first structural insights into two novel nucleotide binding domains associated with bacterial virulence. Pathogenic Gram-negative bacteria use specialized secretion systems that translocate bacterial proteins, termed effectors, directly into host cells where they interact with host proteins and biochemical processes for the benefit of the pathogen. lpg1496 is a previously uncharacterized effector of Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires disease. Here, we crystallized three nucleotide binding domains from lpg1496. The C-terminal domain, which is conserved among the SidE family of effectors, is formed of two largely α-helical lobes with a nucleotide binding cleft. A structural homology search has shown similarity to phosphodiesterases involved in cleavage of cyclic nucleotides. We have also crystallized a novel domain that occurs twice in the N-terminal half of the protein that we term the KLAMP domain due to the presence of homologous domains in bacterial histidine kinase-like ATP binding region-containing proteins and S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase proteins. Both KLAMP structures are very similar but selectively bind 3′,5′-cAMP and ADP. A co-crystal of the KLAMP1 domain with 3′,5′-cAMP reveals the contribution of Tyr-61 and Tyr-69 that produces π-stacking interactions with the adenine ring of the nucleotide. Our study provides the first structural insights into two novel nucleotide binding domains associated with bacterial virulence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».