The Aberrant Methylation Sites Identification and Function Analysis Associated With DNMT3A And IDH Mutations in AML
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation is a major epigenetic modification process. DNA methylation have played an important role in the development of disease cells and normal cells. Mutations in the genetic sequence of DNMT3A and IDH are found in many patients with acute myeloid leukemia. They lead to dysfunction of DNMT3A protein and isocitrate dehydrogenase and bad prognosis. However, the process of how they regulate DNA methylation in acute myeloid leukemia, affecting the development of the disease is not clear. Following work is conducted: In the analysis of survival, we have studied the influence of different mutations on patients’ survival, then we select DNMT3A and IDH genes as the key genes. We use JHU-USC HumanMethylation450K data of 74 AML samples downloaded from The Cancer Genome Atlas ( https://tcga-data.nci.nih.gov),together with 40 normal samples downloaded from The Gene Expression Omnibus ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),then through QDMR( http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/qdmr/ ) and SAM (SAMR package is used to analyze significance of microarrays) method, 1,991 Differentially methylated sites(DMS) are screened eventually, finally these CpG sites are mapped to 1,452 genes. Outcomes from cluster analysis illustrate that there exist little differences in individuals from normal samples. Disease samples have a higher methylation proportion than normal samples. Then, we match the genome for DMS and discover that the hypermethylation inclines to a lower expression in the promoter, DNA methylation and gene expression in the sample indicate a slightly positive correlation on gene body. Functional enrichment analysis illustrates that differentially methylated genes are mostly enriched in cancer pathway and cell adhesion. This topic is based on DNA methylation to classify samples and do function analysis for DMS. It can provide the diagnosis and therapy of acute myeloid leukemia with great help.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».