Biochemical and Structural Basis for Controlling Chemical Modularity in Fungal Polyketide Biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
Modular collaboration between iterative fungal polyketide synthases (IPKSs) is an important mechanism for generating structural diversity of polyketide natural products. Inter-PKS communication and substrate channeling are controlled in large by the starter unit acyl carrier protein transacylase (SAT) domain found in the accepting IPKS module. Here, we reconstituted the modular biosynthesis of the benzaldehyde core of the chaetoviridin and chaetomugilin azaphilone natural products using the IPKSs CazF and CazM. Our studies revealed a critical role of CazM's SAT domain in selectively transferring a highly reduced triketide product from CazF. In contrast, a more oxidized triketide that is also produced by CazF and required in later stages of biosynthesis of the final product is not recognized by the SAT domain. The structural basis for the acyl unit selectivity was uncovered by the first X-ray structure of a fungal SAT domain, highlighted by a covalent hexanoyl thioester intermediate in the SAT active site. The crystal structure of SAT domain will enable protein engineering efforts aimed at mixing and matching different IPKS modules for the biosynthesis of new compounds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».