Genomic alterations in primary breast cancers and their sentinel lymph node metastases detected by array CGH
Notice bibliographique
Résumé
AACR Annual Meeting-- Apr 12-16, 2008; San Diego, CA 347 Breast cancer is a devastating disease afflicting millions of women and it is a major cause of premature mortality. It is estimated that one in eight women in North America will be diagnosed with breast cancer in their lifetime. Breast cancer kills by metastasizing. The presence and extent of axillary lymph nodes metastasis is one of the most important prognostic indicators in breast cancer. The sentinel lymph node is the first node that receives lymphatic drainage from a primary cancer within the breast. Identification of genomic alterations in sentinel lymph node metastases may allow identification of the earliest changes associated with metastatic spread. In this investigation, using array comparative genomic hybridization (aCGH), we compared the genomic profiles of primary breast carcinomas, their matched sentinel and more distal lymph node metastases and invasive breast carcinomas without nodal metastasis. All the cases studied were from a single institution, University Health Network, Toronto, ON. Prior to the study institutional Research Ethics Board approval was obtained. Nineteen cases of infiltrating duct carcinoma (IDC) were subjected to aCGH: 8 cases IDC without metastasis, 11 cases IDC with axillary lymph node metastases. Fourteen lymph node metastasis samples were studied: 9 sentinel and 5 distal. aCGH data was analyzed by correlation of raw data, cluster analysis, circular binary segmentation and moving average methods. The results showed that primary tumors and their matched sentinel lymph node metastases share high genomic similarity. However, gains at 2p24-13, 2q22-33, 9q21-31, 12q21-23, 17 q23-25 and loses at 11q23-ter, 14q23-31, 20p11-q12, 2q36-ter, 8q24-ter, 9q33-ter, 2p11-q11, and 12q13 were either preferentially or uniquely detected in IDC associated with lymph node metastasis. Two genes from each region of gain were selected for further validation by quantitative real-time PCR (Q-PCR). Amplification within the 60-63Mb region of chromosome 17 (17q23.3-24.2) was associated with large IDC size and lymph node metastasis ( p <0.05). Our findings indicate that genomic events associated with metastatic progression do occur and can be detected within primary breast cancer. Gain on 17q23-25 is a candidate region for further testing as a predictor of nodal metastasis. These results could be applied to develop novel targeted gene therapies and predict clinical prognosis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».