Case–Control and Family‐Based Association Study of Specific <i><scp>PTPRD</scp></i> Variants in Restless Legs Syndrome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The exact genetic causes within each of the known restless legs syndrome ( RLS ) loci are still unknown. Recently, it was suggested that an intronic protein tyrosine phosphatase, receptor type δ ( PTPRD ) single‐nucleotide polymorphism ( SNP ) (reference SNP no. rs2381970) is associated with its expression, which may lead to RLS and other related phenotypes. Another study identified 3 nonsynonymous PTPRD variants in familial RLS cases: p.Q447E (a residue change from glutamine to glutamic acid at position 447), p.T781A (a residue change from threonine to alanine at position 781), and p.R995C (a residue change from arginine to cysteine at position 995). Methods Two cohorts of sporadic RLS , a French‐Canadian cohort and a cohort from the United States, with a total of 577 patients and 455 controls, and an additional familial RLS cohort with a total of 635 individuals (140 families) were genotyped for these 4 variants (rs2381970, p.Q447E, p.T781A, and p.R995C) by using specific TaqMan probes, and the effects of each variant as well as haplotypes were analyzed. Results None of the 4 PTPRD ‐specific variants or haplotypes that were tested were associated with RLS in the case–control cohorts or in the familial cohort. The frequencies of the rs2381970 variant in the French‐Canadian and US cohorts were 0.07 and 0.04, respectively, and their frequencies in the respective control populations were 0.06 and 0.04, respectively ( P > 0.4 for both). Similar results were obtained for the 3 nonsynonymous variants. Conclusions Although the PTPRD gene is well established as an RLS ‐associated locus, the rs2381970 SNP and the 3 nonsynonymous PTPRD variants are not likely to cause or affect the risk for developing RLS in the study population. More studies in other populations are needed to determine their potential role in RLS .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».