A proposal for cellularity assessment for EGFR mutational analysis with a correlation with DNA yield and evaluation of the number of sections obtained from cell blocks for immunohistochemistry in non-small cell lung carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: Different approaches have been described for reporting specimen adequacy for epidermal growth factor receptor (EGFR) mutation analysis. We aimed: (1) to conduct cellularity assessment and to investigate its association with DNA yield, (2) to compare the H&E slides taken before and after the thick sections (curls) obtained for EGFR testing and (3) to evaluate the number of ancillary studies performed. METHODS: Cell block (CB) slides of 110 non-small cell lung carcinoma cases submitted to EGFR analysis from 2010 to 2012 were reviewed for total cellularity (ranges 1-100, 100-250, 250-500, 500-750, 750-1000 and >1000 cells), tumour cellularity (ranges 1-50, 50-100, 100-300 and >300 cells) and the percentage of tumour cells. Precurl and postcurl H&E slides were compared using the three criteria. The number of immunohistochemistry (IHC) markers and special stains and DNA yield were recorded. RESULTS: DNA yield was significantly associated with the total cellularity, number and percentage of tumour cells. For 46 cases with precurl and postcurl slides, only three (6.5%) were classified as being different and in two of them the postcurl slide had greater cellularity than the precurl. IHC was performed in 83 cases, with a minimum of 1 and a maximum of 11 markers (median of 3) per case. CONCLUSIONS: An association between the total cellularity and the tumour cellularity with the DNA yield was demonstrated using the ranges described. Evaluation of a postcurl slide is an unnecessary practice. The majority of the CB had sufficient material for ancillary studies (up to 11 markers) and mutation testing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,017 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,020 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,004 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».