Isolation des ADNc de l'antigène tumoral CA125 dans le cancer ovarien
Notice bibliographique
Résumé
Le cancer ovarien est la cinquième cause de décès par cancer au Canada. Le cancer ovarien est la plupart du temps diagnostiqué tard. Le taux de survie aux stades tardifs est seulement de 20% ce qui fait de cette maladie le cancer gynécologique le plus mortel. La glycoprotéine CA125 est l'antigène tumoral le plus utilisé et le plus connu pour suivre la progression du cancer ovarien. Nous voulons déterminer son implication dans le cancer ovarien. Le clonage des ADNc (ADN complémentaire) de CA 125 serait un bon outil pour déterminer son rôle. En 2001, Yin et Lloyd ont cloné un ADNc de 5,9kb incomplet en 5'. Ce clone représente un bon candidat pour CA 125. Il a été nommé MUC16 par le comité de nomenclature du séquençage du génome humain. Nous avons utilisé la technologie de RACE (amplification rapide des extrémités d'un ADNc), afin d'amplifier l'extrémité 5' manquante de l'ADNc de MUC16. Le RACE 5' a généré différents fragments d'ADN (2kb-3kb) qui sont similaires ou identiques aux répétitions du domaine PTS (riche en prolines, sérines et thréonines) de MUC16. Le clone MUC16 possède 9 répétitions en tandem au niveau du domaine PTS. Les répétitions du clone MUC16 sont très similaires, mais distinctes. L'alignement des produits de RACE 5' avec la séquence du clone de MUC16 indique que certains produits de RACE 5' correspondent à des répétitions connues de MUC16, tandis que d'autres produits de RACE 5' seraient des répétitions différentes de celle connues de MUC16. Les séquences inconnues obtenues du RACE 5' pourraient correspondre à l'extrémité 5' manquante de MUCJ6. Ensuite, nous avons déterminé la taille approximative de l'extrémité 5' manquante du clone MUC16. Pour ce faire, nous avons analysé les transcrits de CA 125 par l'analyse Northem dans différentes lignées cellulaires de cancer ovarien (Nlli:OVCAR-3, SKOV-3ipl, SKOV-3, OV-4 et PA-1), dans les cellules primaires d'ovaire normal (OVN-T) ainsi que dans les lignées COS-7 et HeLa. Cette analyse révèle plusieurs transcrits dans chaque type cellulaire. Il y a au moins 8 transcrits spécifiques à CA125 entre lkb et environ 35kb. Le nombre et l'intensité des transcrits varient selon le type cellulaire. Nous avons observé, tout particulièrement, que les transcrits > 12kb sont peu ou pas présents dans les cellules primaires d'ovaire (OVN-T) contrairement aux lignées cellulaires de carcinome ovarien (Nlli:OVCAR-3, SKOV-3ipl et SKOV-3). Finalement, nous avons effectué une extraction de polysomes dans la lignées NIH:OVCAR-3, afin de d'identifier les transcrits traduits de CA125. Nous n'avons pas observé de transcrit traduit de CA 125 par l'analyse Northem dans les conditions utilisées.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».