Genome-wide association meta-analyses to identify common genetic variants associated with hallux valgus in Caucasian and African Americans
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Hallux valgus (HV) affects ∼36% of Caucasian adults. Although considered highly heritable, the underlying genetic determinants are unclear. We conducted the first genome-wide association study (GWAS) aimed to identify genetic variants associated with HV. METHODS: HV was assessed in three Caucasian cohorts (n=2263, n=915 and n=1231 participants, respectively). In each cohort, a GWAS was conducted using 2.5 M imputed SNPs. Mixed-effect regression with the additive genetic model adjusted for age, sex, weight and within-family correlations was used for both sex-specific and combined analyses. To combine GWAS results across cohorts, fixed-effect inverse-variance meta-analyses were used. Following meta-analyses, top-associated findings were also examined in an African American cohort (n=327). RESULTS: The proportion of HV variance explained by genome-wide genotyped SNPs was 50% in men and 48% in women. A higher proportion of genetic determinants of HV were sex specific. The most significantly associated SNP in men was rs9675316 located on chr17q23-a24 near the AXIN2 gene (p=0.000000546×10(-7)); the most significantly associated SNP in women was rs7996797 located on chr13q14.1-q14.2 near the ESD gene (p=0.000000721×10(-7)). Genome-wide significant SNP-by-sex interaction was found for SNP rs1563374 located on chr11p15.1 near the MRGPRX3 gene (interaction p value =0.0000000041×10(-9)). The association signals diminished when combining men and women. CONCLUSIONS: The findings suggest that the potential pathophysiological mechanisms of HV are complex and strongly underlined by sex-specific interactions. The identified genetic variants imply contribution of biological pathways observed in osteoarthritis as well as new pathways, influencing skeletal development and inflammation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».