Characterization of the interactions of PARP-1 with UV-damaged DNA in vivo and in vitro
Notice bibliographique
Résumé
The existing methodologies for studying robust responses of poly (ADP-ribose) polymerase-1 (PARP-1) to DNA damage with strand breaks are often not suitable for examining its subtle responses to altered DNA without strand breaks, such as UV-damaged DNA. Here we describe two novel assays with which we characterized the interaction of PARP-1 with UV-damaged DNA in vivo and in vitro. Using an in situ fractionation technique to selectively remove free PARP-1 while retaining the DNA-bound PARP-1, we demonstrate a direct recruitment of the endogenous or exogenous PARP-1 to the UV-lesion site in vivo after local irradiation. In addition, using the model oligonucleotides with single UV lesion surrounded by multiple restriction enzyme sites, we demonstrate in vitro that DDB2 and PARP-1 can simultaneously bind to UV-damaged DNA and that PARP-1 casts a bilateral asymmetric footprint from -12 to +9 nucleotides on either side of the UV-lesion. These techniques will permit characterization of different roles of PARP-1 in the repair of UV-damaged DNA and also allow the study of normal housekeeping roles of PARP-1 with undamaged DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».