Abstract 9929: Novel Mutations Identified by Whole Exome Sequencing in Families With Congenital Heart Disease
Notice bibliographique
Résumé
Congenital heart disease (CHD) is a complex disorder with multifactorial etiology and high heritability. We used whole exome sequencing to identify novel variants associated with familial CHD. Methods: CHD patients were enrolled in a prospective biobank registry (n=2800). Whole exome sequencing was performed in 12 affected members with LV outflow tract defects and 7 non-affected members from 5 families using Illumina Hi-Seq 2000, and Agilent SureSelect Human All Exon v.2 Kit for sequence capture. Results: Sequence alignment to the reference human genome (GRCh37/hg19) identified over 48K single nucleotide variants (SNVs) and indels (average 820 novel coding variants per individual). SNVs were called using SOAP tools and SIFT, Polyphen and Mutation Taster algorithms were used to predict pathogenicity. Affected and unaffected members were compared using the dominant model to identify novel CHD-associated variants. We identified 216 novel SNVs that segregated within affected members (not seen in unaffected members). These included 82 potentially pathogenic variants on 69 genes expressed in the heart and/or vasculature. Of these, 51 were inherited and 31 were de novo. Novel inherited variants in two genes on the Eph (ephrin) family receptor interacting proteins segregated within 4 affected members from 2 families. Eph receptors form the largest subfamily of receptor tyrosine kinases that are components of cell adhesion, migration, and signalling pathways and are involved in organ development. Additional inherited and de novo variants are being further characterized to determine if they are related to cardiac developmental pathways. Conclusions: Next-generation sequencing can detect novel variants on susceptibility genes that identify new pathways involved in CHD causation. Replication in additional CHD families and candidate gene resequencing will help validate the association of observed variants with CHD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».