Global genomic approaches to the iron-regulated proteome.
Notice bibliographique
Résumé
Iron interacts with cells to regulate the proteome through complex effects on gene expression. In simple organisms such as bacteria and yeast, intra- and extra-cellular iron influences gene expression through defined signal transduction pathways. In higher organisms, effects are probably mediated at the transcriptional level through secondary effects of reactive oxygen species, while post-transcriptional effects operate through well-defined pathways involving iron-regulatory proteins. To investigate the impact of iron levels on gene expression and the proteome, approaches such as differential display and subtractive hybridization have the advantage of surveying the entire genome. However, they are technically demanding and have given way to microarray techniques. To date, numerous microarray experiments with various organisms have not yielded any definitive picture of the role of iron. Common themes throughout such studies are that both iron excess and iron depletion influence expression of proteins related to energy metabolism, cell proliferation, matrix structure, and the metabolism of iron itself. That no consistent set of genes is involved from one study to the next probably results both from the uncertainties inherent in the technique and the biological variability of the systems under study. We briefly describe two types of iron-dependent microarray experiments from our laboratory to examine major cellular targets of iron toxicity. Using Affymetrix oligonucleotide arrays with cardiac cells, we found several hundred genes whose mRNA levels were affected by iron, including an increase in several genes responding to oxidative stress and a decrease in several kinases and phosphatases. In a simpler experiment using a human liver cell line with a limited cDNA array, we targeted 13 genes affected by iron chelation. Metabolic pathway analysis shows links of 5 of these through phorbol ester responsiveness, and additional links through prostaglandin E2. We conclude that definitive understanding of the complex iron-regulated proteome requires global gene approaches and rigorous interlaboratory standardization.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».