Proteome Profiling Unfurl Differential Expressed Proteins from Various Explants in Platycodon Grandiflorum
Notice bibliographique
Résumé
Platycodon grandiflorum, commonly known as Doraji in Korea, has a wide range of pharmacologic properties, such as reducing adiposity and hyperlipidemia, and antiatherosclerotic effects. However, the mechanisms underlying these effects remain unclear. In order to profile proteins from the nodal segment, callus, root and shoot, high throughput proteome approach was executed in the present study. Two dimensional gels stained with CBB, a total of 84 differential expressed proteins were confirmed out of 839 protein spots using image analysis by Progenesis SameSpot software. Out of total differential expressed spots, 58 differential expressed protein spots ( ${\geq}$ 2-fold) were analyzed using MASCOT search engine according to the similarity of sequences with previously characterized proteins along with the UniProt database. Out of 58 differential expressed protein, 32 protein spots were up-regulated such as ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase, endoplasmic oxidoreductin-1, heat stress transcription factor A3, RNA pseudourine synthase 4, cysteine proteinase, GntR family transcriptional regulator, E3 xyloglucan 6-xylosyltransferase, while 26 differential protein spots were down-regulated such as L-ascorbate oxidase precursor, late embryogenesis abundant protein D-34, putative SCO1 protein, oxygen-evolving enhancer protein 3. However, frequency distribution of identified proteins using iProClass databases, and assignment by function based on gene ontology revealed that the identified proteins from the explants were mainly associated with the nucleic acid binding (17%), transferase activity (14%) and ion binding (12%). In that way, the exclusive protein profile may provide insight clues for better understanding the characteristics of proteins and metabolic activity in various explants of the economically important medicinal plant Platycodon grandiflorum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».