Validation of a genomic classifier for predicting biochemical failure following postoperative radiation therapy in high-risk prostate cancer.
Notice bibliographique
Résumé
10 Background: Radiation therapy (RT) is commonly offered in the post radical prostatectomy (RP) setting, however response varies. We hypothesized that the genomic classifier ([GC] Decipher) score would predict biochemical failure (BF) and distant metastasis (DM) in men receiving post−RP RT. Methods: Under an institutional review board approved protocol, 223 men who underwent post−RP RT at the Kimmel Cancer Center of Thomas Jefferson University for pT3 or margin positive disease from 1990 to 2009 were identified. RNA was extracted from 143 patients with paraffin−embedded specimens and expression quantified from the highest Gleason grade tumor focus using a high−density oligonucleotide microarray. Excluding men who received neo−adjuvant therapy, 139 patients remained for GC calculation. Area under the receiver operating curve (AUC), decision curves, cumulative incidence accounting for competing risks, and multivariable Cox regression analyses were used to assess GC for predicting BF and DM after RT in comparison to nomograms. Results: The AUC of CAPRA-S was 0.67 (95% CI 0.58−0.77) and 0.65 (95% CI 0.44−0.86) for BF and DM, respectively. Integration of GC improved AUC to 0.75 (95% CI 0.66−0.84) and 0.77 (95% CI 0.64−0.91) for BF and DM, respectively. Cumulative incidence of BF at 8 years post-RT was 21%, 48%, and 81% for low (less than 0.4), intermediate (0.4 to 0.6), and high (more than 0.6) GC, respectively (p<0.00001). In multivariable analysis, patients who received RT early (pre−RT prostate-specific antigen [PSA] less than 1 ng/mL) had a BF benefit with a significantly reduced hazard ratio (HR) of 0.32 (95% CI 0.11−0.96, p<0.042). Patients with high GC had an HR of 14.73 for BF (95% CI 4.90−44.31, p<0.00001). Earlier PSA recurrence was observed in patients with high GC score that received salvage compared to adjuvant RT with median BF survival post-RT of 4.67 versus 8.78 years (p<0.04). This held true after adjusting for CAPRA-S score. Conclusions: This is the first validation of the GC in the post−RP RT setting. GC improved risk stratification above clinical classifiers. Patients with high GC received significant benefit from early RT intervention. For those patients with high pre-RT PSA and high GC, exploration of intensified therapy is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».