Project data sphere (PDS) in prostate cancer: A first look including concomitant medication use.
Notice bibliographique
Résumé
204 Background: PDS enables patient-level analyses of control arms of cancer trials. The interface (www.projectdatasphere.org) allows for both web-based and download-based analyses. We aimed to validate established prostate cancer prognostic models and explore the effect of concomitant medications on survival in mCRPC. Methods: Data was obtained for 2,747 control subjects with mCRPC from 7 Phase III clinical trials with 1962 subjects available for OS analyses from 5 studies. Overall survival was estimated using the Kaplan-Meier Method. Cox-proportional hazards models, stratified by trial, were used to estimate hazard ratios. Results: Metastatic site was significant for overall survival (Median: Node only 23.69m, Bone 18.17m, Lung 14.72m, Liver 9.43m; p < 0.001). Of the 23 types of medication examined, after adjusting for metastatic site, patients taking proton pump inhibitors (HR: 1.155, p=0.017) and Erythropoietin (HR: 1.49, p-value<.001) had worse overall survival whilst patients taking fish oil (HR:0.68, p-value=0.033) and non-lipophilic statins (HR:0.69, p=.00277) had improved overall survival. Within the limits of available data, we validated the prognostic models for overall survival proposed by Templeton et al. and Sonpavde et al individually and after inclusion of concomitant medication where patients taking metformin (HR=0.729, p=.0082) and Cox 2 inhibitors (HR=0.708, p=.015) had improved OS whilst those taking low molecular weight heparin (HR=1.352, p=.004) had worse OS. Conclusions: As a first project utilizing open-source PDS data in prostate cancer, we validated two prostate cancer prognostic models and illuminated the ability to undertake novel analyses such as the association of concomitant medications with outcome. Limitations of the data relate to incomplete and inconsistent data entry. Future expansion of patient trials and numbers will help to facilitate future analyses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,031 | 0,101 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,022 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».