TOOLS FOR IDENTIFYING FUNCTIONS OF TYPE III SECRETION SYSTEM EFFECTORS FROM SHIGELLA FLEXNERI
Notice bibliographique
Résumé
Shigellae are pathogenic bacteria that cause the disease shigellosis. Two methods for studying secreted effectors encoded by this pathogenâs virulence plasmid are described.\nFirst, protein microarrays were used to identify substrates of an E3 ubiquitin ligase called IpaH7.8. Second, a deletion collection containing mutants for every gene on the virulence plasmid was used in two screens: one to identify mutants that elicit atypical levels of Interleukin-8 (IL-8) from U937 cells, and one to identify mutants that bind the dye Congo red abnormally. \nAlthough protein microarrays were an ineffective tool, the deletion collection proved valuable. Most mutants were less effective at sequestering Congo red than wild-type S. flexneri, although this ability was enhanced in several mutants. Four mutants, ?ospB, ?orf186, ?mxiH and ?mxiK, elicited higher levels of IL-8 from U937 cells than wild type S. flexneri. These results validate the use of the deletion collection as a tool for studying bacterial pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».