125Single Nucleotide Polymorphisms Drive Phenotypic Diversity Among Sequence Type 1 Group B Streptococcus, An Emerging Cause of Invasive Disease in Adult Humans
Notice bibliographique
Résumé
Background. Over the past 20 years, the rates of invasive group B streptococcal (GBS) disease in non-pregnant adults have markedly increased with the majority of adult infections now due to serotype V strains. Methods. Multi-locus sequence typing (MLST) was performed on 233 serotype V GBS bloodstream isolates from non-pregnant adults in the United States and Canada collected from 1992 -2013. An ST-1 GBS genome was completed and used for whole genome comparative analyses of 201 ST-1 isolates. Analysis of gene specific polymorphism frequency was used to identify genes under positive selection. The impact of observed polymorphisms on strain phenotypic variation was assessed by capsule level measurements, pilus protein assays, or global transcriptome analysis using RNAseq. Results. 211/233 isolates (>90%) were ST-1 or a single nucleotide variant of ST-1. The completed ST-1 reference genome showed multiple, significant differences in cell surface components critical to GBS host-pathogen interaction compared to the previously published GBS serotype V ST-110 genome. Whole genome sequence analyses revealed significant recombination in 8 strains. ST-1 strains differed by an average of 97 single nucleotide polymorphisms (SNPs) over the 2.1MB genome. Phylogenetic analyses revealed a temporally dependent mode of genetic diversification consistent with the relatively recent introduction of ST-1 GBS into humans. Thirty-one GBS genes were found to be under positive selective pressure for variance including capsule, pilus proteins, and key transcriptional regulators. Antimicrobial resistance elements were widespread among ST-1 strains, with the majority of strains harboring both tetracycline (97%) and macrolide (70%) resistance determinants. Conclusion. These data provide the first dense genomic level insight into GBS population structure and reveal that phenotypic diversity among ST-1 GBS is mainly driven by small genetic changes rather than recombination. Our data provide novel information on GBS loci contributing to host-pathogen interaction in adult invasive infections which influences GBS preventive strategies, and more globally elucidate the molecular diversification of emerging bacterial pathogens recently introduced into humans. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».