A Study of Comparability in AFLP Profiling using a Simple Model System
Notice bibliographique
Résumé
A simple AFLP model, using the relatively small bacteriophage lambda genome, was developed to test the reproducibility of this technique in an international study, CCQM-P53. Using either non-selective or selective primers, 9 fragments or a subset of 1 to 3 fragments, respectively, were predicted using in silico software. Under optimized conditions, all predicted fragments were experimentally generated.\nThe reproducibility of the AFLP model was tested by submitting both "unknown" DNA template which had been restricted and ligated with AFLP linkers (R/L mixture) and corresponding primer pairs to 9 laboratories participating in the CCQM-P53 study. Participants completed the final PCR step and then used either slab gel electrophoresis or CE to detect the AFLP fragments. The predicted fragments were identified by the majority of participants with size estimates consistently up to 4 base pair (bp) larger for slab gel electrophoresis that for CE. Shadow fragments which were 3 bp larger than predicted fragments were often observed by both study participants and organizers. The 9 AFLP fragments exhibited consistent differences in peak height and reproducibility in the CE profiles with fragments containing the highest guanine-cytosine (GC) of 50-56 % showing the greatest stability in the AFLP profiles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».