Identification of Canadian six row barley (Hordeum vulgare L.) cultivars with primers derived from STSs obtained from RAPD diagnostic bands.
Notice bibliographique
Résumé
To address the general concern about reproducibility of diagnostic DNA bands obtained from RAPDs for the identification of the six row Canadian barley cultivar identification scheme, we have designed specific primers based on STSs derived from those diagnostic bands. Furthermore, we have also optimized the PCR reaction conditions of the identification primers to maximize reliability. These conditions were used to develop a computerized identification key suitable for the Canadian grain handling system. Co-migrating bands pose a problem in the conversion of RAPD diagnostics to STSs. There is a need to sample and sequence a number of clones, although the number of clones theoretically needed has not been addressed. Up to seven clones of each of the diagnostic bands were sequenced. A match of at least two sequences was considered representative of the diagnostic band. However, when two groups of sequences were found with similar size in base pairs, two STSs were established for the same diagnostic band. The majority of the STSs were found to be characteristically repetitive sequences, indicating the nature of target sequences of the RAPD primers. Future work towards higher diagnostic efficiency needed in support of the Canadian grain handling system is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».