ALTERNATIVE SPLICING OF THE GRIN1 CI CASSETTE EXON: SILENCING MECHANISM
Notice bibliographique
Résumé
In vertebrates, alternative splicing regulates gene expression in a cell- and developmental stage-specific manner, producing functional diversity of the corresponding proteins. Although its importance has been underscored, control mechanisms of alternative splicing are poorly understood. The N-methyl-D-aspartate receptor NR1 subunit (NMDAR1, GRIN1) contains three cassette exons (NI, CI and CII), and which are specifically expressed in mammalian brain. In this study, a minigene splicing reporter system of the CI cassette exon was utilized to study its splicing silencing mechanism in mammalian cell lines. This work focuses primarily on the identification of exonic UAGG motifs and a 5' splice site region G cluster. Individual motifs play a silencing role but the combination of all three is required for strong silencing. Whereas insertion of an extra UAGG motif in the exon shows almost complete silencing, removal of all three silencers results in loss of silencing. Therefore, the UAGG and G cluster motifs confer flexibility of control of CI cassette exon splicing and the number of the motifs determines the silencing strength in various tissues. The UAGG motif interacts with hnRNP A1 and the strong silencing of hnRNP A1 requires the G cluster. The splicing enhancing role of hnRNP F or H/H' is identified, and this effect largely requires the G cluster. Using bioinformatics searches, new groups of skipped exons containing the UAGG and GGGG (as a G cluster) motifs are identified from the human and mouse genomes. This study suggests that hnRNP H1 and H3 (HNRPH1 and HNRPH3) may be auto-regulated at the level of splicing. Overall, this work provides evidence for a splicing silencing mechanism that is important for the tissue-specificity of the CI cassette exon. This work also shows that the motif pattern can be used computationally to identify additional skipped exons that contain combinations of UAGG and GGGG motifs.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».