Notice bibliographique
Résumé
This dataset includes genomic intervals (BED format) to facilitate RADSeq design and functional annotation of SNPs in Olympia oysters (Ostrea lurida). The files include a transcriptome (FASTA format) and the following 8 genomic interval files (BED format): Oly_snps_bed: location of SNPs with variant annotated in the name column Oly_geneID_bed: these intervals cover the entire length of the transcript and are annoated with the SwissProt ID in the name column Oly_regionofblasthits_bed: these intervals cover only the region of homology between the subject and query for the blastx output Oly_inducible_bed: these intervals cover the entire length of the transcript for those genes associated with the following GOSlim IDs: cell-cell signaling, signal transduction, cell adhesion, development, stress response Oly_housekeeping_bed: these intervals cover the entire length of the transcript for those genes associated with the following GOSlim IDs: DNA metabolism, RNA metabolism, protein metabolism Oly_EcoRIsites_bed: location of EcoRI restriction sites Oly_NotIsites_bed: location of NotI restriction sites Oly_SbfI_bed: location of SbfI restriction sites This dataset was generated as part of the requirements for FISH 546: Bioinformatics for Environmental Science. The slides for the final presentation are included (FISH546.pdf) The original data for the transcriptome, blastx annotations and SNP tables can be found here: Transcriptome characterization of the Olympia oyster and pinto abalone. Steven Roberts, Emma Timmins-Schiffman. figshare. http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.156431. Retrieved 18:14, Mar 18, 2013 (GMT)
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».