Characterization of the Free State Ensemble of the CoRNR Box Motif by Molecular Dynamics Simulations
Notice bibliographique
Résumé
Intrinsically disordered proteins (IDPs) and regions are highly prevalent in eukaryotic proteomes, and like folded proteins, they perform essential biological functions. Interaction sites in folded proteins are generally formed by tertiary structures, whereas IDPs use short segments called linear motifs (LMs). Despite their short length and lack of stable structure, LMs may have considerable structural propensities, which often resemble bound-state conformations with targets. Structural data is crucial for understanding the molecular basis of protein interactions and development of targeted pharmaceuticals, but IDPs present considerable challenges to experimental techniques. As a result, IDPs are largely underrepresented in the Protein Data Bank. In the face of experimental challenges, molecular dynamics (MD) simulations have proven to be a useful tool for structural characterization of IDPs. Here, the free state ensemble of the nuclear receptor corepressor 1 (NCOR1) CoRNR box 3 motif, which is important for binding to nuclear receptors to control gene expression, is studied using MD simulations of a total of 8 μs. Transitions between disordered and α-helical conformations resembling a bound-state structure were observed throughout the trajectory, indicating that the motif may have a natural conformational bias toward bound-state structures. The data shows that the disordered and folded populations are separated by a low energy (4-6 kJ/mol) barrier, and the presence of off-pathway intermediates, leading to a C-terminally folded species that cannot efficiently transition into a completely folded conformation. Structural transitions and folding pathways within the free state ensemble were well-described by principal component analysis (PCA) of the peptide backbone dihedral angles, with the analysis providing insight for increasing structural homogeneity of the ensemble.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».