Investigating the N-terminal deletion in Mitochondrial Voltage-Dependent Anion Channels in Neurospora crassa
Notice bibliographique
Résumé
The mitochondrial outer membrane consists of a class of porin –VDAC – that facilitate diffusion of small hydrophilic molecules across the outer membrane. VDAC proteins share a prominent property in which they display voltage-dependent conformational changes involved in gating when reconstituted into planar lipid bilayers (Benz 1994). The N-terminus of VDAC is the focus of this study, due to conflicting structural and electrophysiological results presented by Geula et al. 2012 and Teijido et al 2012. Thus, it proves essential to verify the N-terminus’s function and mobility in VDAC gating mechanism. The objective of this study is to determine the basis for the phenotypic differences seen in two generated Neurospora crassa strains (∆N2a, WS125.5) that originally had identical VDAC N-terminal deletions of amino acids 2-12. Qualitative and quantitative phenotypic analysis was conducted using race tubes; ∆N2a displayed growth rates at a midpoint between wild-type and WS125.5 growth rates, while WS125.5 displayed significantly reduced growth rates. Genomic DNA was extracted from both variants and sequenced using BigDye Termination 3.1, revealing the N-terminal deletion in ∆N2a. Sequences from WS125.5 failed to provide information regarding the N-terminal deletion in the strain due to incorrect annealing of primers. However, PCR analysis -- using predetermined primers -- of genomic segments of WS125.5 resulted in a double banding pattern -- a band that is characteristic for wild-type and a band characteristic for the strain. This indicates that WS125.5 is a heterokaryon; however, because it does not exhibit the wild type growth phenotype suggests that the N-terminal porin deletion is a dominant deletion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».