Predicting physiologically relevant SH3 domain mediated protein–protein interactions in yeast
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: Many intracellular signaling processes are mediated by interactions involving peptide recognition modules such as SH3 domains. These domains bind to small, linear protein sequence motifs which can be identified using high-throughput experimental screens such as phage display. Binding motif patterns can then be used to computationally predict protein interactions mediated by these domains. While many protein-protein interaction prediction methods exist, most do not work with peptide recognition module mediated interactions or do not consider many of the known constraints governing physiologically relevant interactions between two proteins. RESULTS: A novel method for predicting physiologically relevant SH3 domain-peptide mediated protein-protein interactions in S. cerevisae using phage display data is presented. Like some previous similar methods, this method uses position weight matrix models of protein linear motif preference for individual SH3 domains to scan the proteome for potential hits and then filters these hits using a range of evidence sources related to sequence-based and cellular constraints on protein interactions. The novelty of this approach is the large number of evidence sources used and the method of combination of sequence based and protein pair based evidence sources. By combining different peptide and protein features using multiple Bayesian models we are able to predict high confidence interactions with an overall accuracy of 0.97. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Domain-Motif Mediated Interaction Prediction (DoMo-Pred) command line tool and all relevant datasets are available under GNU LGPL license for download from http://www.baderlab.org/Software/DoMo-Pred The DoMo-Pred command line tool is implemented using Python 2.7 and C ++. CONTACT: gary.bader@utoronto.ca SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».