A genomic investigation of the putative contact zone between divergent Brown Creeper (<i>Certhia americana</i>) lineages: chromosomal patterns of genetic differentiation
Notice bibliographique
Résumé
Sky islands, or montane forest separated by different lowland habitats, are highly fragmented regions that potentially limit gene flow between isolated populations. In the sky islands of the Madrean Archipelago (Arizona, USA), various taxa display different phylogeographic patterns, from unrestricted gene flow among sky islands to complex patterns with multiple distinct lineages. Using genomic-level approaches allows the investigation of differential patterns of gene flow, selection, and genetic differentiation among chromosomes and specific genomic regions between sky island populations. Here, we used thousands of SNPs to investigate the putative contact zone of divergent Brown Creeper (Certhia americana) lineages in the Madrean Archipelago sky islands. We found the two lineages to be completely allopatric (during the breeding season) with a lack of hybridization and gene flow between lineages and no genetic structure among sky islands within lineages. Additionally, the two lineages inhabit different climatic and ecosystem conditions and have many local primary song dialects in the southern Arizona mountain ranges. We identified a positive relationship between genetic differentiation and chromosome size, but the sex chromosome (Z) was not found to be an outlier. Differential patterns of genetic differentiation per chromosome may be explained by genetic drift--possibly in conjunction with non-random mating and non-random gene flow--due to variance in recombination rates among chromosomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».