Abstract 417: Structural Characterization of 20 kDa Fragments of Apolipoprotein B100
Notice bibliographique
Résumé
Apolipoprotein (apo) B100 is a 550 kDa hydrophobic glycoprotein that forms the structural backbone for the assembly of triglyceride-rich lipoproteins. ApoB100 circulates bound to the same lipoprotein particle on which it is synthesized (i.e. it is non-exchangeable) until the lipoprotein is cleared from the plasma via receptor-mediated uptake. The polypeptide length and aqueous insolubility are considerable obstacles to the determination of apoB100 structure. Based on primary structure algortihms, apoB100 is predicted to contain 5 domains, comprising an N-terminal globular mixed βα1 domain followed by alternating amphipathic β-strand and α-helix rich regions (N-βα1-β1-α2-β2-α3-C). Previous studies from our laboratory have shown that amino acids 1694-1880 (B1) of the β1 domain of apoB100 bind tightly to triglyceride droplets in vitro. We have expressed this 20 kDa protein fragment, and a second 20 kDa fragment B2 (amino acids 1881-2070) that lies at the junction between the β1 and α2 domains, in bacterial cell culture as hexahistidine-tagged fusion proteins. B1 was insoluble in aqueous solution, but soluble in the presence of 150 mM dodecylphosphocholine (DPC), whereas B2 was soluble in aqueous solution, with or without DPC. Circular dichroism (CD) spectroscopy of DPC-solubilized B1 and B2 fragments indicated an approximately equal proportion of α-helix, β-strand/β-turn and unordered structures in B1 (36%, 37% and 28%, respectively) vs. approximately 56% α-helix, 27% β-strand/β-turn and 17% unordered content for B2. Preliminary NMR spectroscopy of 13C/15N labeled B1 has been conducted. Estimates of protein secondary structure from backbone chemical shift assignments using the algorithm DANGLE (Dihedral ANgles from Global Likelihood Estimates) suggested significant α-helical character in B1. These studies suggest that the α-helical content may be underestimated by CD, and generation of a high-resolution structure of B1 is in progress. Our studies have provided the first atomic-level structural information for structural elements of apoB100 and suggest a central role for unique amphipathic structures in lipoprotein structure and function.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».