Consent Codes: Upholding Standard Data Use Conditions
Notice bibliographique
Résumé
in the datasets of the main public genome archives (NCBI dbGaP and EMBL-EBI/CRG EGA). OverviewRestrictions on data use may be necessary in order to respect the consent of research participants and patients.As members of the Global Alliance for Genomics and Health (Global Alliance), we examined the variation in data use conditions that are based on consent provisions for genomics datasets in research and clinical settings based on the following: (1) a review of guidance from the National Institutes of Health; (2) a survey of data use conditions for data accessed within a large research institute, the Broad Institute of MIT and Harvard, and for data held within the European Genome-phenome Archive (EGA) of the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) and Centre for Genomic Regulation (CRG); and (3) consultation with the international scientific community via the Global Alliance Data Working Group and with the Matchmaker Exchange Project.Based on our study, we propose a structure for recording data use "categories" and "requirements" with a view to support maximum data use and integration.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,310 | 0,546 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,009 | 0,016 |
| Communication savante | 0,012 | 0,017 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,010 |
| Intégrité de la recherche | 0,031 | 0,026 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,063 | 0,045 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».