Transcriptomic analysis of the program mediating enterocyte differentiation by HNF4, GATA4, or CDX2 in the rat ileal crypt cell line IEC‐6
Notice bibliographique
Résumé
HNF4α (H), GATA4 (G), and CDX2 (X) are transcription factors (TF) proposed as central regulators of enterocyte differentiation. We studied the impact of these TF on enterocytes using stable IEC‐6 cell lines expressing H, G, or X. H increased microvilli density when grown on Matrigel and increased lipid/apolipoprotein synthesis. X‐cells had columnar morphology while G‐cells were larger and formed multiple layers at confluence. Array analysis on RNA from confluent cell lines (Affymetrix Rat 230 2.0 GeneChips, n=3/line) revealed many changes for each TF vs. control IEC‐6: at 1% false detection rate H, 3767 (52% up); G, 2409 (55%); X, 1977 (34%). Common transcript signatures may be due to cross‐regulation of the TF: H increased G (3.4x) and X (2.7x) mRNA; X increased H mRNA (2.1x) and protein; G increased X mRNA (3x) but suppressed H mRNA (70%). Cluster analysis revealed unique TF responses. Functional analysis showed that H increased lipid metabolism and tight junction transcripts, reduced cell cycle transcripts, and altered matrix protein transcripts. G reduced cell cycle and tight junction transcripts but increased those for apoptosis. X increased glycolysis and clathrin‐coated vesicle transcripts but reduced those for MAPK signaling and Golgi vesicle transport. Our data suggest that individual TF are critical drivers for specific enterocyte phenotypes. Supported by Showalter Trust (JCF), NSERC and CCFC (CA).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».