Novel Findings in the Epidemiology of Staphylococcus aureus in Patients Attending Inner City Sexually Transmitted Infections (STI) and Community Clinics in Calgary
Notice bibliographique
Résumé
Background. The predominant site of carriage of community acquired methicillin-resistant S. aureus (CA-MRSA) is not known. We designed a prospective cohort study to measure the prevalence of carriage of SA, sites of colonization and risk factors associated with SA colonization in an inner city population in Calgary attending for STIs or general medical evaluation. Methods. Following Ethics Board approval, written informed consent was obtained, a 50–item questionnaire was completed and swabs from nares, throat, axilla, groin, perineal-perianal, vaginal, upper back and interdigital web spaces (IDWS) were obtained. Following broth enrichment MSSA/MRSA were identified using standard laboratory procedures and confirmed by PCR assay (nuc, femA and mecA). Molecular characterization was done with pulsed-field electrophoresis (PGFE), SCCmec typing, spa and Multi Locus Sequence Typing (MLST). Risk factor data were collated and uni- and multivariate analyses were performed on STATA 9.2). Results. Of 285 participants included in the final analysis, the prevalence of colonization by SA for any site was 57.5%, (66.4% males/33.5% females). MSSA carriage prevalence was 56.1% and 1.4% for MRSA (2 of 4 carried the USA300 strain). The most common site of MSSA colonization was the throat (41.4%) as a single or multiple site. The back and IDWS showed a colonization rate of 7.7 and 11.6%, respectively. Univariate analysis of risk factors associated with SA colonization of any site were as follows: use of illicit drugs with strangers (p = 0.01), >6 heterosexual partners (p = 0.002), oral sex (0.01), trimming pubic hair (p = 0.007), any sports with mats (p = 0.005). Only the first 2 variables remained significant on the multivariate analysis. We found 12 MSSA carriers with a strain closely related to USA300-MRSA by PFGE, MSLT and spa profile. Conclusion. We found a very high prevalence of MSSA colonization in this population - 57.5% versus a usual prevalence of 22-32%. Two novel sites were identified for SA carriage: the upper back and the IDWS. The throat appears to be a significant reservoir of SA colonization in this population, which has implications for transmission. Strain relatedness between MSSA ST8 isolates and USA300-MRSA strain suggest a horizontal gain or loss of the SCCmec element. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».