Characterization of begomoviruses in the South West islands of the Indian Ocean
Notice bibliographique
Résumé
Characteristic symptoms of Tomato yellow leaf curl disease on tomato plants with a great economic impact were recently observed in several islands of the South West part of the Indian Ocean. Tomato leaf samples presenting symptoms were assessed for viral presence by degenerate begomoviruses primers. Samples from Madagascar, Mayotte and Réunion were tested positive for DNA-A. No presence of DNA-B or DNA-? was revealed. For Réunion, the complete DNA-A was cloned and sequenced. Agroinoculation of tomato plants and transmission by Bemisia tabaci confirmed the Koch's postulate. The most significant alignments were obtained with Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) isolates with 98 to 99% nucleotide identity (DNAMAN, Lynnon Corporation, Quebec), suggesting that the virus present in Réunion is an isolate of TYLCV. For Madagascar, the 522 bp of the core region of the capsid protein (Whyatt and Brown, 1994) showed the most significant alignments with begomoviruses (NCBI, BLAST), 86 to 88% nucleotide identity (DNAMAN) with the isolates from Mayotte, 82% nucleotide identity with TYLCV isolates, South African mosaic virus - M12 (SACMV-[M12]) and East African mosaic Malawi virus - Malawi [K]. For Mayotte, the same region of the capsid protein showed similarly the most nucleotide identity with the isolate from Madagascar (86 to 88%), 86 to 87% nucleotide identity with TYLCV isolates and 85 to 86% nucleotide identity with SACMV-[M12]. The low nucleotide identity of begomovirus isolates from Madagascar and Mayotte (< 89%) with available begomovirus nucleotide sequences suggest the presence of two new species. To perform our analysis, the cloning and sequencing of the complete DNA-A of these viruses is actually in course. (Texte intégral)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».