Molecular profiling of advanced biliary cancer: Lost in translation from bench to bedside.
Notice bibliographique
Résumé
283 Background: Advanced Biliary Cancer (ABC) is a collection of diseases which carry poor prognosis, and many patients derive limited benefit from chemotherapy. Identification of molecular drivers of ABC may help to predict treatment response and direct development of targeted therapy. Methods: Formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue form patients with ABC treated at Princess Margaret Cancer Centre was analysed by MassARRAY Sequenom panel (23 genes, 279 mutations), or by next general sequencing (NGS) using Proton or Illumina MiSeq TruSeq Amplicon Cancer Panel (48 genes, 212 amplicons, ≥500x coverage). Clinicopathologic and treatment data were collected from electronic health records. Results: Of 112 tested patients, 16 had insufficient DNA, and 96 had data for analysis: 13 with ampullary cancer (AC), 19 with hilar/distal bile duct (DBD), 43 with gallbladder (GBC), and 21 with intrahepatic (IHC). 13 patients had Sequenom testing, 85 had NGS with Miseq or Proton. 127 mutations were identified in 60 patients, 36 had no mutations detected: 23 in AC, 54 in GBC, 24 in IHC, 26 in DBD. The most frequent mutations were in TP53 (34%) and KRAS (20%). TP53 and SMAD4 mutations appeared most common in GBC, BRAF and KRAS mutations were most common in AC, and IDH1 and FGFR2mutations were seen only in IHC. 14 patients (15%) had a mutation for which targeted treatment could be applied. Conclusions: Profiling of patients with ABC is feasible and can identify some molecular drivers, with different tumour sites demonstrating distinct biological patterns. Only a limited number of patients are shown to have clinically relevant mutations with current NGS techniques, suggesting additional techniques (whole genome/RNA sequencing) may be required to fully characterise these diseases and identify new therapeutic targets. [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».