Clonal Complex 17 Group B Streptococcus strains causing invasive disease in neonates and adults originate from the same genetic pool
Notice bibliographique
Résumé
A significant proportion of group B Streptococcus (GBS) neonatal disease, particularly late-onset disease, is associated with strains of serotype III, clonal complex (CC) 17. CC17 strains also cause invasive infections in adults. Little is known about the phylogenetic relationships of isolates recovered from neonatal and adult CC17 invasive infections. We performed whole-genome-based phylogenetic analysis of 93 temporally and geographically matched CC17 strains isolated from both neonatal and adult invasive infections in the metropolitan region of Toronto/Peel, Canada. We also mined the whole-genome data to reveal mobile genetic elements carrying antimicrobial resistance genes. We discovered that CC17 GBS strains causing neonatal and adult invasive disease are interspersed and cluster tightly in a phylogenetic tree, signifying that they are derived from the same genetic pool. We identified limited variation due to recombination in the core CC17 genome. We describe that loss of Pilus Island 1 and acquisition of different mobile genetic elements carrying determinants of antimicrobial resistance contribute to CC17 genetic diversity. Acquisition of some of these mobile genetic elements appears to correlate with clonal expansion of the strains that possess them. Our results provide a genome-wide portrait of the population structure and evolution of a major disease-causing clone of an opportunistic pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».