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Enregistrement W2278010891 · doi:10.2135/cropsci2014.12.0837

Quantitative Trait Loci Mapping and Candidate Gene Identification for Seed Glucosinolates in <i>Brassica rapa</i> L.

2016· article· en· W2278010891 sur OpenAlexafffund
Arvind H. Hirani, Jianfeng Geng, Jiefu Zhang, Carla D. Zelmer, P. B. E. McVetty, Fouad Daayf, Genyi Li

Notice bibliographique

RevueCrop Science · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics, phytochemicals, and oxidative stress
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGenome PrairieGenome Canada
Mots-clésBrassica rapaBiologyGlucosinolateQuantitative trait locusLocus (genetics)BrassicaBotanyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glucosinolates (GSLs) are sulfur‐ and nitrogen‐rich plant secondary metabolites biosynthesized in plant species belonging to the order Brassicales. In this study, using recombinant inbred lines (RILs) developed from a cross between Chinese cabbage [Brassica rapa L. subsp. chinensis (L.) Hanelt and subsp. pekinensis (Lour.) Hanelt] and yellow sarson [B. rapa L. subsp. trilocularis (Roxb.) Hanelt], eight gene‐specific and gene‐flanking markers for GSLs and 148 simple‐sequence repeat (SSR) markers were assembled on the previous ultradense genetic map of B. rapa. Quantitative trait loci (QTL) mapping for GSLs was performed using this genetic map, and gene‐specific markers were used to identify the loci involved in the biosynthesis of GSLs. Over a dozen QTL for progoitrin, gluconapin, glucoalyssin, glucobrassicanapin, 4‐hydroxyglucobrassicin, total aliphatic glucosinolate, and total GSL were identified in seeds. A candidate locus of Br‐GSL‐ELONG gene on linkage group A03 was identified to cosegregate with 5C aliphatic GSLs (glucoalyssin, glucobrassicanapin, and sum of 5C) in B. rapa. This locus was also colocalized with the QTL controlling seed gluconapin and sum of 4C GSL (gluconapin, progoitrin). The results suggest that the Br‐GSL‐ELONG locus on linkage group A03 might have multifunctional properties for 4C and 5C aliphatic GSL biosynthesis in Brassica species. Glucosinolate biosynthesis gene‐specific molecular markers developed in this study can be used to manipulate GSLs in other Brassica species including rapeseed (B. napus L.) and Brassica vegetables.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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