Structural and Kinetic Characterization of the 4-Carboxy-2-hydroxymuconate Hydratase from the Gallate and Protocatechuate 4,5-Cleavage Pathways of Pseudomonas putida KT2440
Notice bibliographique
Résumé
The bacterial catabolism of lignin and its breakdown products is of interest for applications in industrial processing of ligno-biomass. The gallate degradation pathway ofPseudomonas putidaKT2440 requires a 4-carboxy-2-hydroxymuconate (CHM) hydratase (GalB), which has a 12% sequence identity to a previously identified CHM hydratase (LigJ) fromSphingomonassp. SYK-6. The structure of GalB was determined and found to be a member of the PIG-LN-acetylglucosamine deacetylase family; GalB is structurally distinct from the amidohydrolase fold of LigJ. LigJ has the same stereospecificity as GalB, providing an example of convergent evolution for catalytic conversion of a common metabolite in bacterial aromatic degradation pathways. Purified GalB contains a bound Zn(2+)cofactor; however the enzyme is capable of using Fe(2+)and Co(2+)with similar efficiency. The general base aspartate in the PIG-L deacetylases is an alanine in GalB; replacement of the alanine with aspartate decreased the GalB catalytic efficiency for CHM by 9.5 × 10(4)-fold, and the variant enzyme did not have any detectable hydrolase activity. Kinetic analyses and pH dependence studies of the wild type and variant enzymes suggested roles for Glu-48 and His-164 in the catalytic mechanism. A comparison with the PIG-L deacetylases led to a proposed mechanism for GalB wherein Glu-48 positions and activates the metal-ligated water for the hydration reaction and His-164 acts as a catalytic acid.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».