Cac1p and Rrm3p alter the frequency of epigenetic conversions at the telomeres in S.cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
An epigenetic conversion is any inheritable change in gene expression due to change in chromatin structure and not to DNA sequence. These conversions are integral for functional and developmental differentiation in humans, as well as for the immune-evasiveness of certain pathogens. On the other hand, untimely epigenetic switches can cause certain psychiatric disorders and cancer. Despite their significance, the underlying mechanisms involved in epigenetic conversions are yet to be elucidated. The subtelomeric regions of Saccharomyces cerevisiae undergo relatively frequent epigenetic shifts, and as a result, display variegated expression phenotypes. This makes the subtelomeric regions an ideal model system for studying epigenetic conversions. Preliminary findings suggest that pausing of the replication fork may be involved in epigenetic switching. As such, I have hypothesized that the pausing of replication forks stimulates epigenetic shifts and the deletion of genes involved in the regulation of paused forks will affect frequency of variegation. I further hypothesized that pausing of RNA polymerase II during transcription could similarly affect the frequency of variegation. In this thesis I have used a newly developed variegation assay to determine the frequency of epigenetic shifts at the telomeres of several S.cerevisiae strains. These strains harbor mutations in genes involved in replication fork and transcription pausing. I show that there was no impact on the frequency of epigenetic conversions in the transcriptional pausing (Δspt4 and Δdst1) and the fork stabilizing (Δtof1) mutants. However, deletion of the paused replication fork resolving helicase RRM3 (Δrrm3) caused a loss of variegation phenotype, similar to the phenotype observed in Δcac1 cells. These findings suggest that there may be a relationship between replication fork pausing and epigenetic conversions, and furthermore allude to a possible shared mechanism between Rrm3p and Cac1p at a paused fork.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».