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Enregistrement W2280952766 · doi:10.2135/cropsci2014.08.0539

Development of E‐chromosome Specific Molecular Markers for <i>Thinopyrum elongatum</i> in a Wheat Background

2015· article· en· W2280952766 sur OpenAlexaff
Shiqiang Chen, Yong Gao, X.M. Zhu, Chao Zhang, George Fedak, Zhentian He, Xiu‐Lan Chen, Jianmin Chen

Notice bibliographique

RevueCrop Science · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesSpecialized Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education of ChinaPriority Academic Program Development of Jiangsu Higher Education InstitutionsJiangsu Science and Technology DepartmentJiangsu Agricultural Science and Technology Innovation Fund
Mots-clésBiologyRetrotransposonGeneticsGenBankMicrosatelliteChromosomePrimer (cosmetics)Hordeum vulgareOryza sativaGenomeGenetic markerMolecular biologyBotanyGenePoaceaeTransposable element

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Eleven primers were synthesized according to the reverse transcriptase and long terminal repeat (LTR) conserved regions of retrotransposons BARE ‐1 from barley (Hordeum vulgare L.) and RIRE ‐1 from rice ( Oryza sativa L.). Fifty‐two pairs of primer combinations based on these 11 primers were used for DNA amplification of Chinese Spring‐ Thinopyrum elongatum addition lines, substitution lines plus the two parents. It showed that 145 specific fragments of inter‐simple sequence repeat (ISSR), inter‐retrotransposon amplified polymorphism (IRAP), and retrotransposon microsatellite amplified polymorphism (REMAP) were obtained which distributed over all the seven E‐genome chromosomes of Th. elongatum . Sixty specific fragments of ISSR, IRAP, and REMAP were randomly selected for cloning and sequencing. Thirty‐four sequences were found not to be homologous with wheat ( Triticum aestivum L.) sequences in GenBank, which were considered to be the specific sequences of Th. elongatum . Thirty‐four pairs of primers based on these 34 specific sequences were synthesized, and 13 chromosome‐specific markers of Th. elongatum were identified and converted into SCAR markers. The results indicated that ISSR, IRAP, and REMAP techniques can be used to develop chromosome‐specific sequence‐characterized amplified regions (SCAR) markers with good stability and repeatability. These specific SCAR markers can now be used to detect Th. elongatum chromosomes and possibly even some introgressed segments in a wheat background.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,359
Score d'incertitude au seuil0,176

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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