Segmental Chromosomal Aberrations in Localized Neuroblastoma Can be Detected in Formalin‐Fixed Paraffin‐Embedded Tissue Samples and Are Associated With Recurrence
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Array comparative genomic hybridization (CGH) analyses of frozen tumors have shown strong associations between the pattern of chromosomal aberrations and outcome in patients with advanced-stage neuroblastoma. New platforms for analyzing chromosomal aberrations using formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue have recently been developed. We sought to determine whether chromosomal microarray analysis (CMA) using FFPE tumors is feasible and if segmental chromosomal aberrations were prognostic of recurrence in localized neuroblastoma. METHODS: Patients with MYCN nonamplified International Neuroblastoma Staging System stage 1 and 2 disease who recurred were identified. CMA was performed with diagnostic FFPE samples using OncoScan™ FFPE Express 2.0. The prognostic significance of chromosomal pattern was validated in 105 patients with available CGH results. RESULTS: In 26 evaluable patients, 11 recurred locally, nine had metastatic relapse, and six remained progression free >3 years from diagnosis. No chromosomal aberrations were identified in four tumors. Numerical chromosomal aberrations (NCAs) without segmental chromosomal aberration (SCA) were identified in 11 patients: six progressed locally, two had metastatic progression and 3 remained progression-free. Eleven patients had SCAs: four progressed locally, six developed metastatic progression and one remained progression-free. Five or more SCAs were only detected in tumors from patients who developed metastases (P = 0.0004). In the validation cohort, SCAs were associated with inferior event-free survival (EFS) compared to NCA (5-year EFS 68% ± 8.3% vs. 91% ± 3.6%, respectively; P = 0.0083). CONCLUSIONS: It is feasible to evaluate chromosomal aberrations using FFPE neuroblastoma tissue. SCA is associated with inferior EFS in localized neuroblastoma patients, and multiple SCAs may be predictive of metastatic relapse.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».