The cytoplasmic domain is essential for transport function of the integral membrane transport protein SLC4A11
Notice bibliographique
Résumé
Large cytoplasmic domains (CD) are a common feature among integral membrane proteins. In virtually all cases, these CD have a function (e.g., binding cytoskeleton or regulatory factors) separate from that of the membrane domain (MD). Strong associations between CD and MD are rare. Here we studied SLC4A11, a membrane transport protein of corneal endothelial cells, the mutations of which cause genetic corneal blindness. SLC4A11 has a 41-kDa CD and a 57-kDa integral MD. One disease-causing mutation in the CD, R125H, manifests a catalytic defect, suggesting a role of the CD in transport function. Expressed in HEK-293 cells without the CD, MD-SLC4A11 is retained in the endoplasmic reticulum, indicating a folding defect. Replacement of CD-SLC4A11 with green fluorescent protein did not rescue MD-SLC4A11, suggesting some specific role of CD-SLC4A11. Homology modeling revealed that the structure of CD-SLC4A11 is similar to that of the Cl(-)/HCO3(-) exchange protein AE1 (SLC4A1) CD. Fusion to CD-AE1 partially rescued MD-SLC4A11 to the cell surface, suggesting that the structure of CD-AE1 is similar to that of CD-SLC4A11. The CD-AE1-MD-SLC4a11 chimera, however, had no functional activity. We conclude that CD-SLC4A11 has an indispensable role in the transport function of SLC4A11. CD-SLC4A11 forms insoluble precipitates when expressed in bacteria, suggesting that the domain cannot fold properly when expressed alone. Consistent with a strong association between CD-SLC4A11 and MD-SLC4A11, these domains specifically associate when coexpressed in HEK-293 cells. We conclude that SLC4A11 is a rare integral membrane protein in which the CD has strong associations with the integral MD, which contributes to membrane transport function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».