Profiling and tandem mass spectrometry analysis of aminoacylated phospholipids in Bacillus subtilis
Notice bibliographique
Résumé
Cationic modulation of the dominantly negative electrostatic structure of phospholipids plays an important role in bacterial response to changes in the environment. In addition to zwitterionic phosphatidylethanolamine, Gram-positive bacteria are also abundant in positively charged lysyl-phosphatidylglycerol. Increased amounts of both types of lipids render Gram-positive bacterial cells more resistant to cationic antibiotic peptides such as defensins. Lysyl and alanyl-phosphatidylglycerol as well as alanyl-cardiolipin have also been studied by mass spectroscopy. Phospholipids modified by other amino acids have been discovered by chemical analysis of the lipid lysate but have yet to be studied by mass spectroscopy. We exploited the high sensitivity of modern mass spectroscopy in searching for substructures in complex mixtures to establish a sensitive and thorough screen for aminoacylated phospholipids. The search for deprotonated aminoacyl anions in lipid extracted from Bacillus subtilis strain 168 yielded strong evidence as well as relative abundance of aminoacyl-phosphatidylglycerols, which serves as a crude measure of the specificity of aminoacyl-phosphatidylglycerol synthase MprF. No aminoacyl-cardiolipin was found. More importantly, the second most abundant species in this category is D-alanyl-phosphatidylglycerol, suggesting a possible role in the D-alanylation pathway of wall- and lipo-teichoic acids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».