Structural characterization of DNA binding and autoinhibition by the Ets1 transcription factor
Notice bibliographique
Résumé
Ets1 belongs to the ETS transcription factor family and plays key roles in regulating eukaryotic gene expression. The affinity of the Ets1 for its cognate DNA sites is autoinhibited by an intrinsically disordered serine-rich region (SRR) and an appended helical inhibitory module (IM). Through transient interactions, the SRR both sterically blocks the ETS domain and allosterically stabilizes the IM to modulate DNA-binding affinity. Calmodulin-dependent kinase II phosphorylation of five serines within the SRR progressively reinforces autoinhibition in response to calcium signaling. Using mutagenesis and quantitative DNA-binding measurements, we demonstrate that phosphorylation-enhanced autoinhibition requires the presence of phenylalanine/tyrosine (ϕ) residues adjacent to the SRR phosphoacceptor serines. The introduction of additional phosphorylated Ser-ϕ-Asp, but not Ser-Ala-Asp, repeats within the SRR dramatically reinforces autoinhibition. NMR spectroscopic studies of phosphorylated and mutated SRR variants, both within their native context and as separate trans-acting peptides, confirmed that the aromatic residues and phosphoserines contribute to the formation of a dynamic complex with the ETS domain. Complementary NMR studies also identified the SRR-interacting surface of the ETS domain, which encompasses its positively-charged DNA recognition interface and an adjacent region of neutral polar and nonpolar residues. Collectively, these studies highlight the role of aromatic residues and their synergy with phosphoserines in an intrinsically disordered regulatory sequence that integrates cellular signaling and gene expression. We also investigated by NMR spectroscopy the interaction of Ets1 with specific and nonspecific oligonucleotides. Upon binding DNA, helices HI-1 and HI-2 of the IM unfold. Thus, autoinibition does not impart DNA-binding specificity. Using amide chemical shift perturbation mapping, we also show that Ets1 binds both specific and non-specific oligonucleotides through its canonical ETS domain interface. However, the non-specific complex is formed by weak and dynamic electrostatic interactions, whereas the specific complex involves well-ordered hydrogen bonds and salt bridges. In support of this conclusion, five lysine sidechains are protected from rapid hydrogen exchange upon binding of specific DNA, whereas only one is stabilized in the non-specific complex. Overall, these data are consistent with Ets1 rapidly finding specific DNA sites within the genome via facilitated diffusion (sliding and hopping) within a vast background of non-specific sequences.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».