Development of Biomolecular Tools for Studying Host-Virus Interactions of the Hepatitis C Virus
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis C virus (HCV) is a growing health concern in Canada and around the world, as it currently infects 3% of the global population. While there is no vaccine available against this virus, novel and effective treatment regimens have improved prospects for the cure of HCV. Complications caused by HCV can lead to severe liver disease and even death. The limited viral proteome forces HCV to rely heavily on various host factors for its replication. Additionally HCV modulates the host physiology to facilitate its pathogenesis; consequently, the in dept study of essential host-virus interactions expands our understandingof how the virus and related species commandere host cell machinery. This understanding can help create new therapeutic strategies, which may have applications towards HCV and other related RNA viruses. While numerous studies have demonstrated that HCV modulates the abundance of various host proteins, the systematic study of the virus’s effect on the enzymatic activity has been relatively unexplored. For this reason, activity-based protein profiling (ABPP) was applied to study the changes in the activity of host enzymes during HCV replication. ABPP is a functional proteomics technique that employs active site-directed probe (ABP) to report on the activity of enzymes within complex proteomes, such as living cells. Herein, directed and non-directed ABPs were employed for specific as well as global profiling of the alterations in the activity of cellular enzymes during HCV replication. As a result, essential host enzymes that are differentially active during HCV infection were identified. Furthermore, I have developed a quantitative ABPP method for relative quantification of the cellular enzymes activity during HCV infection. These results contribute to the discovery of disease-associated biomarkers, with diagnostic significance, and aid in the identification of potential targets for therapeutic interventions. In addition to developing protein-based tools to study host-virus interactions, I employed a novel technique to investigate the interactions of micro-RNA 122 (miR-122), an essential HCV host factor, with the viral RNA genome. This in vitro screening approach, interrogates the folding of HCV RNA using viral RNA-coated magnetic bead (VRB) to determine target site accessibility for RNA silencing. This method predicts the relative affinity of small RNAs towards HCV genomic RNA that are not easily predicted by informatic means, and led to discovery of potent miR-122 interaction site within the large, highly-structured HCV RNA genome. For that reason, VRB assay may represent an attractive tool for the examination of target site accessibility for RNA silencing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».