Direct Rapid Identification of Bacteria From Positive Blood Cultures Using the Bruker MALDI Biotyper and Serum Separator Tubes
Notice bibliographique
Résumé
Background. Direct rapid identification of microorganisms from positive blood culture bottles would decrease the time to targeted antimicrobial therapy and improve patient care. The Bruker Sepsityper kit is commercially available but has multiple steps and takes about 40 minutes to process specimens. We evaluated an in-house method to rapidly identify bacteria directly from positive blood culture medium using the Bruker MALDI Biotyper and serum separator tubes (SST). Methods. Positive blood culture isolates from 165 patients were included in our study. When a resin-based BacT/Alert (bioMérieux) blood culture bottle was flagged positive, 5 mL of the broth was transferred to a 5 mL serum separator tube and centrifuged at 4000 rpm for 5 minutes. The supernatant was aspirated without disrupting the pellet of bacteria present at the surface of the polymeric gel. A sterile wooden stick was then used to spot the pellet on to the stainless steel target. The bacteria were then allowed to dry, then overlaid with 1 µL of α-cyano-4-hydroxycinnamic acid (HCCA) matrix, and analyzed using the MALDI-TOF mass spectrometer (MALDI Biotyper with FlexControl software; Bruker Daltonics). The positive blood culture bottle was also routinely processed to identify the bacteria by conventional methods. Results. Of the 165 specimens tested by the SST method, 124 were Gram-negative, 34 were Gram positive, and 7 were anaerobes. Overall, correct identification to the genus and species levels was obtained in 156 of 165 (95%) and 153 of 165 (92.7%) blood culture broths, respectively. Gram-negative organisms were identified correctly to the genus level in 120 of 124 (96.7%) and to the species level in 118 of 124 (95.1%) specimens. Gram positive organisms were identified correctly to the genus level in 30 of 34 (88.2%) and to the species level in 29 of 34 (85.2%) specimens. Six of the 7 (85.7%) anaerobes tested were identified correctly to the genus and species levels. The use of the SST method for direct identification of organisms was simple and had an average turnaround time of 15 minutes. Conclusion. Utilizing MALDI-TOF MS with the SST method is a promising tool for the direct identification of organisms from positive blood culture bottles. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».