Structural modeling of the flagellum MS ring protein FliF reveals similarities to the type III secretion system and sporulation complex
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The flagellum is a large proteinaceous organelle found at the surface of many bacteria, whose primary role is to allow motility through the rotation of a long extracellular filament. It is an essential virulence factor in many pathogenic species, and is also a priming component in the formation of antibiotic-resistant biofilms. The flagellum consists of the export apparatus and stator in the cytosol; the basal body, spanning the bacterial membrane(s) and periplasm; and the hook-filament, that protrudes away from the bacterial surface. Assembly of the bacterial flagellum is initiated by the formation of the basal body MS ring region, constituted of multiple copies of the protein FliF. Here, I report an analysis of the FliF sequence from various bacterial species, demonstrating that its periplasmic region is composed of a domain homologuous to that of the type III secretion system proteins PrgK, and of a second globular domain that possesses a similar fold to that of the sporulation complex component SpoIIIAG. I also describe that Chlamydia possesses an unusual FliF protein, lacking part of the PrgK homology domain and the SpoIIIAG-like domain, and fused to FliG at its C-terminus. Finally, I have combined the sequence analysis of FliF with the EM map of the MS ring, to propose the first atomic model for the FliF oligomer. These results further emphasize the similarity between the flagellum, T3SS and sporulation complex, and will facilitate further structural studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».